De eerste echte nieuwerwetse Workbench was OS 3.5, de opvolger van Workbench 3.1, maar niet uitgegeven door Commodore, want die was al failliet. Gemaakt door Haage & Partner. Vanaf OS 3.5 heet het ook geen Workbench meer, maar AmigaOS.
Een aantal belangrijke verschillen met voorgaande Amiga besturingssystemen: standaard ondersteuning voor cd, levering op cd (ipv diskette), ondersteuning voor harddisks groter dan 4GB, documentatie in HTML.